Os cursos do Mestrado são classificados como Mestrado em Estudos Biblicos e Mestrado de Divindade em Teologia Pastoral*, este é oferecido apenas aos homens pastores consagrados ao ministério. A cada semestre são ofertados 4 módulos.

Os módulos também podem ser cursados de forma avulsa, sem matrícula, porém sem o registro como aluno regular do curso.

O sistema do curso de Mestrado agora é realizado no site da Bluegrass Baptist Seminary.