Os cursos do Mestrado são classificados Mestrado em Estudos Biblicos e Mestrado de Divindade em Teologia Pastoral*, este é oferecido apenas aos homens pastores consagrados ao ministério. A cada semestre são ofertados 4 módulos.

Os Módulos de 2024.1 são: Léxico Grego (BBM-108)*, Eletiva do Antigo Testamento (BBM-113), Introdução à Apologética (BBM-112) e Eletiva do Novo Testamento (BBM-114).

Os módulos também podem ser cursados de forma avulsa, sem matrícula, porém sem o registro como aluno regular do curso.